Datainfrastruktur og -udvikling

Den stigende mængde data har gjort det nødvendig at flytte vores nuværende IT-system til en High Performing Computing cluster. Vi vil bruge denne proces til at modernisere flere af vores pipelines, f.eks. erstatte vores in-house QC pipeline med systemet Integrated Rapid Infectious Disease Analysis (IRIDA).
Vi vil arbejde for en modernisering af vores artsbestemte værktøjer, som skal integreres med IRIDA systemet. For at opnå dette, vil vi standardisere måden, vi koder på, hvormed programmeringskoder bliver nemmere at forstå og vedligeholde fremover. Koderne vil blive offentliggjort på vores Github-side.
IT-systemet vil også nemt kunne facilitere datadeling med samarbejdspartnere og offentlige sekvensdatabaser.
MicrobeSeq projektet sørger både for finansieringen og strukturen til at udføre tiltagene, for at sikre at den nationale overvågning stadig kan fungere og tilpasses til vores skiftende IT-landskab.