Om MicrobeSeq

Siden 2013 har helgenomsekventering (WGS) af mikroorganismer haft stor betydning i dansk infektionsovervågning og -beredskab. Selvom overvågningen af mikrobielle patogener i Danmark allerede er af høj kvalitet, kan nogle aspekter forbedres yderligere.

COVID-19-pandemien har vist vigtigheden af at have standardiserede laboratorieprocedurer og et velstruktureret it-system til at håndtere WGS-data.

For effektivt at omskabe de genererede WGS-overvågningsdata til brugbar indsigt, er det afgørende at integrere WGS-data, andre laboratoriefund og epidemiologiske data i en understøttende it-infrastruktur.

Ved projektets start benyttedes WGS på nogle områder af mikrobiel overvågning, men ikke på alle. Målet er nu at inkludere så mange områder som muligt, hvilket understøttes af, at SSI er forpligtet til at formidle relevant information rettidigt til nationale samarbejdspartnere, ECDC og offentlige arkiver.

Med økonomisk støtte fra EU4Health-programmet vil SSI-Seq-projektet udvikle MicrobeSeq Denmark, et center dedikeret til datadeling, kommunikation og standardisering af mikrobielle WGS-data i Danmark.

Vores tre overordnede mål er:

  1. at optimere og videreudvikle overvågningsrelaterede pipelines og arbejdsgange for at sikre, at WGS-data til overvågning er af høj og sammenlignelig kvalitet.
  2. at udvikle it-infrastrukturer og bioinformatikværktøjer, der muliggør deling af WGS-data og analyseresultater så tæt på realtid som muligt.
  3. at udvikling fælles protokoller til produktion, analyse og deling af WGS-data.
SSI-Seq is supported by co-funding from the European Union’s EU4Health programme under Grant Agreement Nr 101111879. Views and opinions expressed do not necessarily reflect those of the European Union or HaDEA. Neither the European Union nor the granting authority can be held responsible for them.

Forside af brochure MicrobeSeq

Link til brochure (PDF)